Circuit de Losail, "Commercialbank Grand Prix of Qatar". La pluie tombe à verses en ce dimanche 12 avril 2009. L'horaire décalé n'aide pas à éviter des conditions climatiques changeantes. A l'image du grand prix de F1 en Malaisie le 5 avril, la pluie a eu raison de la course, à la différence que les pilotes ne décolleront pas de la grille. Plus que la piste totalement détrempée, c'est le manque de visibilité pour les pilotes qui auront raison de cette première course de la saison. Si les pilotes prennent le départ, la sécurité serait mise en cause à cause de la lumière artificielle reflétant dans les gouttes de pluie. Le départ, tout d'abord décalé, est finalement reporté au lendemain. Lundi 13 avril 2009, les conditions sont bien meilleures et le départ est donné. Casey Stoner, installé en pole position, prend un bon départ et s'envole pour marquer un écart de 2 secondes dès le premier tour. L'australien remporte sa première victoire de la saison avec 7 secondes d'avance et il n'a jamais été réellement menacé tout au long de la course. Première course et première sortie de piste pour Marco Melandri, le pilote Hayate Racing. Parti 11ème sur la grille, le pilote de l'ex écurie Kawasaki, maintient sa moto sur les roues dans les graviers, malgré une adhérance forcément précaire. Il parvient à reprendre la lutte mais il perd le bénéfice d'un bon départ. Loris Capirossi a moins de chance et, à la lutte avec deux autres pilotes, le pilote italien perd le contrôle de sa Suzuki qui régalera les yeux avec un feu d'artifice d'étincelles improvisé. Fort heureusement pour "Capirex", cette chute est sans gravité et le vétéran se relève sans dommage. Ce n'est pas le cas pour sa machine et sa course se termine lors du huitième tour. Plus proche du podium, c'est Alex de Angelis et Dani Pedrosa qui se battent pour s'accrocher au bon wagon de tête. L'espagnol, se plaignant de douleurs au poignet et au genou, parvenait à maintenir tant bien que mal sa position avant que de Angelis le double d'une manière quelque peu autoritaire puisqu'il touche et repousse littéralement le pilote Honda sur les vibreurs, heureusement sans que l'espagnol ne chute. Ce dernier perdra petit à petit des positions pour terminer en onzième position. La fin de course est plus tranquille et Valentino Rossi maîtrise son équipier avec une avance plus que confortable. Il complète le podium avec Jorge Lorenzo.
| Pos. | Num. | Pilote | Pays | Equipe | Moto | Temps | Points |
| 1 | 27 | Casey STONER | AUS | Ducati Marlboro Team | Ducati | 42'53,984 | 25 |
| 2 | 46 | Valentino ROSSI | ITA | Fiat Yamaha Team | Yamaha | 43'01,755 | 20 |
| 3 | 99 | Jorge LORENZO | ESP | Fiat Yamaha Team | Yamaha | 43'10,228 | 16 |
| 4 | 5 | Colin EDWARDS | USA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 43'18,394 | 13 |
| 5 | 4 | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Repsol Honda Team | Honda | 43'21,247 | 11 |
| 6 | 15 | Alex DE ANGELIS | RSM | San Carlo Honda Gresini | Honda | 43'23,867 | 10 |
| 7 | 7 | Chris VERMEULEN | AUS | Rizla Suzuki MotoGP | Suzuki | 43'27,611 | 9 |
| 8 | 36 | Mika KALLIO | FIN | Pramac Racing | Ducati | 43'28,739 | 8 |
| 9 | 24 | Toni ELIAS | ESP | San Carlo Honda Gresini | Honda | 43'33,465 | 7 |
| 10 | 14 | Randy DE PUNIET | FRA | LCR Honda MotoGP | Honda | 43'36,268 | 6 |
| 11 | 3 | Dani PEDROSA | ESP | Repsol Honda Team | Honda | 43'42,510 | 5 |
| 12 | 69 | Nicky HAYDEN | USA | Ducati Marlboro Team | Ducati | 43'42,867 | 4 |
| 13 | 59 | Sete GIBERNAU | ESP | Grupo Francisco Hernando | Ducati | 43'46,199 | 3 |
| 14 | 33 | Marco MELANDRI | ITA | Hayate Racing Team | Kawasaki | 43'50,363 | 2 |
| 15 | 72 | Yuki TAKAHASHI | JPN | Scot Racing Team MotoGP | Honda | 43'54,270 | 1 |
| 16 | 52 | James TOSELAND | GBR | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 44'08,962 | |
| 17 | 88 | Niccolo CANEPA | ITA | Pramac Racing | Ducati | 44'09,012 | |
| Not classified | |||||||
| DNF | 65 | Loris CAPIROSSI | ITA | Rizla Suzuki MotoGP | Suzuki | 13'49.501 | |
